Program studi dipimpin oleh Ketua Program Studi yang diangkat untuk masa jabatan 4 tahun berdasarkan SK Ketua STKIP PGRI Nganjuk atas rekomendasi Wakil Ketua I dan dapat diangkat kembali sesuai dengan prosedur yang berlaku. Ketua program studi dalam pengelolaannya dibantu oleh Sekretaris program studi yang diangkat oleh Ketua STKIP PGRI Nganjuk. Pelaksanaan pendidikan di Program Studi Pendidikan IPA ditunjang oleh keberadaan unit dan laboratorium
